- 陈懿;吴春;李彩斌;林叶春;程建中;潘文杰;
【目的】探究施用炭基肥对植烟黄壤质量影响的微生物学机制,为应用炭基肥培育植烟黄壤肥力提供科学依据。【方法】2016年,以烤烟品种云烟87和贵州黄壤为供试材料,通过大田试验,设置不施肥(NF)、常规肥(CF,条施有机肥和烤烟专用基肥,穴施烤烟专用追肥)和炭基肥(BF,条施炭基有机肥和炭基复混肥,穴施烤烟专用追肥) 3个处理,2年后采集样品,采用Illumina Miseq高通量测序技术,剖析土壤细菌、真菌群落结构和多样性的响应差异,揭示影响微生物的主要土壤因子。【结果】与NF处理和CF处理比较,BF处理烤烟产量提高,土壤碱解氮和有效磷含量显著提高。BF处理土壤细菌OTUs数量最大(1592),显著大于其余两处理;土壤细菌丰富度和多样性指数最高。BF处理土壤真菌OTUs数量最小(280);土壤真菌丰富度和多样性指数最低。BF处理土壤细菌群落物种最多样,属于25个门,CF处理属于23个门,NF处理仅属于22个门。细菌门水平,BF处理拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度(1.50%)提高,Latescibacteria相对丰度(0.11%)降低;与NF处理比较,拟杆菌门、Latescibacteria相对丰度差异显著。真菌门水平,BF处理接合菌门(Zygomycota)相对丰度(2.18%)显著降低;与NF处理相比,壶菌门(Chytridiomycota)相对丰度(0.01%)显著降低。真菌属水平,BF处理镰刀菌属(Fusarium)相对丰度(5.83%)显著降低;与NF处理相比,BF处理被孢霉属(Mortierella,2.11%)、葡萄穗霉属(Stachybotrys,0.90%)、链格孢属(Alternaria,0.01%)(烟草赤星病病原菌)相对丰度显著降低。不同施肥处理下,引起细菌群落结构变化的最主要土壤因子为pH,导致真菌群落结构变化的最主要土壤因子为有效磷。【结论】炭基肥引发土壤生物化学环境改变,进而导致土壤细菌、真菌群落结构和多样性发生变化,优化土壤生态。
2020年04期 v.60;No.360 653-666页 [查看摘要][在线阅读][下载 1078K] - 杨丽娟;赖芬菊;谢宁清;戴益民;
【目的】为了给外源蛋白在酿酒酵母细胞中的定位提供参考,构建酿酒酵母荧光定位报告菌株。【方法】运用染色体同源重组的方法,将突变的、已进行酵母表达优化的红色荧光蛋白RedStar分别整合到12个酵母细胞器标记蛋白的C端,与之进行融合表达,用特异性引物对每一个酵母荧光定位报告菌株进行PCR扩增和测序验证,用激光共聚焦显微镜进行荧光检测,对线粒体和细胞核进行特异性染料染色,用EGFP标记沙门氏菌已知定位蛋白SipA,与构建的相应荧光定位报告菌株进行共定位。【结果】构建的酿酒酵母荧光定位报告菌株可分别标示酵母细胞的肌动蛋白、晚期胞内体、细胞核、核周质、纺锤体、线粒体、过氧化物酶体、脂滴、初级内吞体、次级内吞体、高尔基体顺面及高尔基体反面。PCR扩增及测序验证、荧光检测、染料与相应报告菌株的共定位、已知定位蛋白SipA与相应报告菌株的共定位均提示报告菌株构建成功。【结论】这些报告菌株的构建,为日后在酵母中观察细胞器动态变化,以及未知蛋白在酵母中的定位提供了基础性工具。
2020年04期 v.60;No.360 667-678页 [查看摘要][在线阅读][下载 1136K] - 杨锦;沈宏;
【目的】筛选一株海藻酸裂解酶高产菌株,并通过优化产酶条件提高海藻酸裂解酶活性。【方法】以海藻酸钠为唯一碳源的培养基,对福建漳州滨海土壤中的微生物进行筛选和分离,获得海藻酸裂解酶高产菌株;依据形态、生理生化特征及16S rDNA序列分析对目的菌株进行鉴定;然后通过单因素和正交试验对其产酶条件进行优化。【结果】十六烷基吡啶(CPC)染色得到4株透明圈与菌落直径比值(D/d)>3的菌株;DNS法测定4菌株发酵液中海藻酸裂解酶活力,其中菌株SH-1的海藻酸裂解酶活性最高,达到315.52 U/mL;经形态、生理生化和16S rDNA测序鉴定,将其命名为Microbulbifer sp. SH-1;通过单因素和正交试验优化,确定该菌株最适产酶培养基为:海藻酸钠10 g/L,NaCl 5 g/L,(NH_4)_2SO_45g/L,MgSO_40.2g/L,K_2HPO_41g/L,FeSO_40.02g/L。对培养条件的进一步优化结果发现,在初始pH 7.5、温度32°C条件下,以1%的接种量将SH-1菌株接入50 mL优化培养基中,240 r/min转速下振荡培养24 h,SH-1菌株产酶最大活性可达757.90 U/mL,比优化前提高了2.4倍。【结论】SH-1最佳产酶条件的建立,为海藻酸裂解酶的大规模制备以及更深层次研究提供了试验基础和理论依据。
2020年04期 v.60;No.360 679-694页 [查看摘要][在线阅读][下载 1909K] - 贺庆芝;罗晓清;马芙蓉;郑慧怡;王昕;金盈圻;成国锋;钟光明;
【目的】探讨鼠衣原体(Chlamydia muridarum)对小鼠溃疡性结肠炎的作用。【方法】取15只雌性C57BL/6J小鼠随机分为3组,每组5只动物,分别为空白对照组(Control)、肠炎模型组(DSS)、实验组(CM+DSS)。选取CM+DSS组小鼠予以2×10~5 IFU的鼠衣原体灌胃处理,并在其感染后第29天开始,给予DSS组和CM+DSS组的小鼠2%DSS饮水,持续5d,每天监测小鼠体重和肠炎疾病评分,实验结束后检测小鼠结肠长度和结肠组织炎性改变。【结果】肠炎模型组的小鼠均表现出典型的肠炎症状(包括体重减轻、肠炎疾病评分、结肠长度和组织炎性改变);而经鼠衣原体预处理的小鼠(CM+DSS组)肠炎症状显著减轻,表现在肠炎疾病评分降低,体重和结肠长度有所恢复,肠组织炎性损伤减轻。【结论】鼠衣原体对DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎具有改善作用。
2020年04期 v.60;No.360 695-702页 [查看摘要][在线阅读][下载 979K] - 王小敏;曹东阳;徐祥兰;何孔旺;
【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010–2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子流行病学特征,分析PCV2的遗传演化规律。【方法】本研究利用PCR方法对384份断奶仔猪多系统衰竭综合征疑似发病猪样本进行检测,并对随机选取的42份阳性样品进行PCV2全基因组的测定和分析。【结果】华东地区普遍存在PCV2的感染,阳性率为41.15%。序列扩增获得42株PCV2全长基因组,同源性和系统进化树分析表明,基于PCV2 ORF2和全长核苷酸序列构建的系统进化树结构是基本一致的。从病料中测得的42株PCV2与11株参考毒株序列的ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.0%–100.0%和82.5%–100.0%。遗传进化分析显示,53株PCV2毒株可分为4个基因型,即PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。本文获得的42株序列ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%–100.0%和86.8%–100%,可分为3个基因型,即PCV2a、PCV2b和PCV2d,其中69.05%(29/42)属于PCV2d基因型,为优势基因型;PCV2b未在安徽和浙江出现。Cap蛋白的氨基酸序列分析表明,42株PCV2毒株总体多样性较低,存在4个主要的高变区,且不同基因型具有代表性突变位点。本研究获得的42株Cap序列在抗体识别的关键位点存在一定程度变异,这是否导致PCV2抗原结构、致病性以及疫苗效果的改变,还有待深入分析。【结论】2010–2015年间,PCV2在华东地区猪群中存在较高的感染率,遗传演化相对稳定,基因型无明显地域差异,且PCV2d为优势基因型。42株PCV2Cap序列有明显差异,但同一基因型具有代表性突变位点。本研究为探讨华东地区PCV2的遗传进化和致病机理提供了参考依据。
2020年04期 v.60;No.360 703-714页 [查看摘要][在线阅读][下载 1804K] - 檀玲;郭林霞;陈博文;张昭寰;王敬敬;刘海泉;潘迎捷;赵勇;
【目的】副溶血性弧菌是水产品中常见的食源性致病菌,生物被膜的形成对副溶血性弧菌的环境生存和传播至关重要。这项工作的目的是评估临床和环境中分离出的44株副溶血性弧菌菌株形成的生物被膜的结构多样性。【方法】该研究基于共聚焦激光扫描显微镜的高通量方法,使用与高分辨率成像兼容的96孔微量滴定板,结合结构分析软件ISA-2来研究生物被膜形成和结构,分析22株食品与22株临床来源的副溶血性弧菌菌株形成的生物被膜结构参数(生物体积、平均厚度、粗糙系数)。【结果】CLSM图像显示,44株副溶血性弧菌菌株在培养48h后能够形成3D结构,进一步比较分析了临床来源菌株与环境来源菌株形成的生物被膜结构异同,发现临床菌株生物被膜的变异系数比环境菌株生物被膜的变异系数小,且同时携带tdh和trh两种毒力因子的菌株生物被膜变异性最小。凝聚层次聚类分析结果显示,副溶血性弧菌生物被膜可以分为致密且表面光滑(39%)、斑驳且表面粗糙(27%)、疏松且表面坑洼(34%),临床菌株易形成致密且表面光滑和斑驳且表面粗糙的生物被膜,而环境菌株易形成致密且表面光滑和疏松且表面坑洼的生物被膜。【结论】该研究深入了解了副溶血性弧菌生物被膜结构差异性,为今后对临床和环境来源的副溶血性弧菌生物被膜采取不同的防控和清除措施提供了理论支撑。
2020年04期 v.60;No.360 715-726页 [查看摘要][在线阅读][下载 1513K] - 来守超;方晓瑜;涂波;陈浩;邓泽;李贵中;陈振宏;张辉;承磊;
内蒙古自治区二连盆地、海拉尔盆地是我国重要的煤层气产区,其中生物成因煤层气是煤层气的重要来源,但复杂物质转化产甲烷相关微生物群落结构及功能尚不清楚。【目的】研究煤层水中的微生物代谢挥发性脂肪酸产甲烷的生理特征及群落特征。【方法】以内蒙古自治区二连盆地和海拉尔盆地的四口煤层气井水作为接种物,分别添加乙酸钠、丙酸钠和丁酸钠厌氧培养;定期监测挥发性脂肪酸降解过程中甲烷和底物的变化趋势,应用高通量测序技术,分析原始煤层气井水及稳定期产甲烷菌液的微生物群落结构。【结果】除海拉尔盆地H303煤层气井微生物不能代谢丙酸外,其他样品均具备代谢乙酸、丙酸和丁酸产生甲烷的能力,其生理生态参数存在显著差异,产甲烷延滞期依次是乙酸<丁酸<丙酸;最大比产甲烷速率和底物转化效率依次是丙酸<乙酸<丁酸。富集培养后,古菌群落结构与煤层气井水的来源显著相关,二连盆地优势古菌为氢营养型产甲烷古菌Methanocalculus (相对丰度13.5%–63.4%)和复合营养型产甲烷古菌Methanosarcina (7.9%–51.3%),海拉尔盆地的优势古菌为氢营养型产甲烷古菌Methanobacterium(24.3%–57.4%)和复合营养型产甲烷古菌Methanosarcina(29.6%–66.5%);细菌群落则与底物类型显著相关,硫酸盐还原菌Desulfovibrio(12.0%–41.0%)、互营丙酸氧化菌Syntrophobacter(39.6%–75.5%)和互营丁酸菌Syntrophomonas(8.5%–21.9%)分别在乙酸钠、丙酸钠和丁酸钠处理组显著富集。【结论】煤层气井水微生物可降解挥发性脂肪酸(乙酸、丙酸和丁酸)并具有产甲烷潜力;乙酸可能被古菌直接代谢产甲烷,而丙酸和丁酸通过互营细菌和产甲烷古菌代谢产甲烷。Desulfovibrio、Syntrophobacter和Syntrophomonas分别在乙酸、丙酸和丁酸代谢过程中发挥了重要作用。这些结果为煤层气生物强化开采提供了一定的微生物资源基础。
2020年04期 v.60;No.360 727-738页 [查看摘要][在线阅读][下载 1165K] - 谢林艳;狄义宁;何丽莲;刘鲁峰;沈先岳;李富生;
【目的】筛选防治甘蔗赤腐病(sugarcane red rot)的生防菌株。【方法】实验以前期分离获得的甘蔗内生细菌为目标菌,以甘蔗赤腐病的病原真菌镰孢炭疽菌(Colletotrichum falcatum Went.)为指示菌,采用平板对峙法筛选对该病菌有较强抑制作用的菌株,然后通过琼脂扩散法测定菌株代谢产物对抑菌活性的影响,并对具有较好拮抗效果的高效菌株进行抑菌广谱性分析并对其进行鉴定。最后通过形态学、生理生化特征以及16SrDNA和gyrA序列分析对高效菌株YC89进行鉴定。【结果】经初筛筛选到抑菌带均大于1.60 cm的5株拮抗细菌,其中X22、W2、YC89抑菌带均高达1.87 cm。对初筛得到的5株内生菌进行复筛,结果所示菌株YC89、H1、X22、W2、YT93对镰孢炭疽菌的抑菌率都在75%以上,其中菌株YC89对该病菌的抑菌效果最好,其抑菌率为78%。菌株YC89的发酵液、上清液、过滤液及粗蛋白提取液对镰孢炭疽菌的生长有较强的抑制作用,且菌株YC89对玉米大斑病、甘蔗梢腐病、草莓灰霉病等7种病原菌也有较好的抑制效果。通过菌株鉴定结果,初步将YC89菌株鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)。【结论】菌株YC89对镰孢炭疽菌具有较好的抑制效果,表明其对甘蔗赤腐病的生物防治具有较大的应用潜力。
2020年04期 v.60;No.360 739-748页 [查看摘要][在线阅读][下载 1359K] - 杨婧;林宇星;刘莘轶;张珩琳;裴晓芳;曲媛媛;
【目的】近年来,纳米银由于其自身独特的抗菌活性而受到越来越多的关注,有研究表明纳米银是一种广谱的抗菌剂,其对数十种致病微生物都有强烈的抑制和杀灭作用。相较于传统的合成方法而言,具有反应条件温和、环境友好等优势的生物合成法是目前的研究热点。【方法】本研究利用真菌Mariannaea sp. HJ的胞内提取物合成纳米银,并对其合成条件进行优化调控,还进一步考察了合成的纳米银颗粒的抗菌性能。【结果】胞内提取物浓度350 mg/L、AgNO_3浓度5 mmol/L、pH 7.0为菌株HJ胞内提取物合成纳米银的最优条件;TEM图像表明合成的纳米银颗粒主要为球形和伪球形,分散性良好,无明显的团聚现象;XRD表明合成的纳米银晶体结构为面心立方体结构;通过FTIR分析结果推测提取物中的羟基、羧基等官能团可能参与了纳米银的还原和稳定过程。此外,在本实验条件下合成的纳米银颗粒对革兰氏阴性菌Escherichia coli BL21和革兰氏阳性菌Arthrobacter sp. W1都有较好的抗菌活性。【结论】真菌Mariannaea sp. HJ胞内提取物能合成尺寸均一且分散性良好的球形纳米银颗粒,合成的纳米银颗粒在抗菌方面具有潜在的研究价值。
2020年04期 v.60;No.360 749-758页 [查看摘要][在线阅读][下载 1368K] - 包红朵;朱树娇;张辉;周艳;张旭晖;庞茂达;孙利厂;李维;王冉;
【目的】筛选鉴定沙门菌噬菌体侵染裂解过程中的抗性菌株,研究抗性菌株的生物学特性及致病力的差异,为解决噬菌体治疗应用中的抗性菌问题提供理论依据。【方法】本研究通过次级感染法和双层平板法筛选沙门菌噬菌体抗性菌,通过生物学特性和毒力基因检测比较宿主菌ATCC 13076及其噬菌体抗性菌株R3之间的差异,并通过小鼠攻毒实验和细胞粘附实验比较致病力强弱。【结果】噬菌体抗性菌株R3的生长速度较宿主菌略慢;生化及毒力基因检测均表明抗性菌株与宿主菌无差异;与宿主菌相比,抗性菌R3的LD50增加了74.8%(P>0.05);对MODE-K细胞粘附能力稍弱,但是差异不显著。【结论】该研究表明,与噬菌体宿主菌相比,噬菌体抗性菌株的生物学特性和毒力基因并没有改变,对小鼠致病力减弱,但是对MODE-K细胞粘附能力差异不显著。
2020年04期 v.60;No.360 759-768页 [查看摘要][在线阅读][下载 1097K] - 崔璐璐;鞠孜敬;杨溢;张富友;刘青霄;朱国强;孙淑红;
【目的】旨在探究丁酸梭菌影响肠炎沙门氏菌(CVCC3377)对SPF小鼠的致病性及对小鼠的保护作用。【方法】选用72只6周龄SPF级雌性C57BL/6小鼠,按照完全随机区组设计分为阴性对照(CON)、饲喂丁酸梭菌组(CB)、沙门氏菌感染组(SE)和丁酸梭菌保护组(CB+SE)4组,每组18只。CON组和SE组饲喂基础日粮和饮水,CB组和CB+SE组饲喂基础日粮和每天更换添加丁酸梭菌(1×10~7CFU/mL)的饮水,连续饲喂一周;第8天进行肠炎沙门氏菌感染实验,分别对SE组和CB+SE组灌服0.2mL 1.1×10~4CFU/只的肠炎沙门氏菌,同时对阴性对照组和丁酸梭菌组灌服0.2mL生理盐水。在感染后第6天处死小鼠并采集肝脏、脾脏和盲肠及内容物样品。采用H.E染色检测肝脏和脾脏组织的病理学变化,免疫组化检测脾脏组织中TLR4、MyD88蛋白的表达水平,荧光定量PCR检测盲肠组织中TNF-α和IL-6的表达水平,并通过高通量测序方法分析其对肠道菌群的影响。【结果】结果显示,丁酸梭菌能够缓解肠炎沙门氏菌感染引起的小鼠体重下降;H.E染色结果显示,丁酸梭菌可以缓解肠炎沙门氏菌感染造成的组织损伤;免疫组化结果显示,丁酸梭菌可降低脾脏组织细胞中TLR4、MyD88蛋白的表达水平,荧光定量PCR结果显示肠炎沙门氏菌能够显著升高盲肠组织中TNF-α(P<0.05)和IL-6的表达水平,在此基础上饲喂丁酸梭菌能够降低TNF-α和IL-6的表达水平。高通量测序结果显示,丁酸梭菌组Chao1指数、ACE指数和Shannon指数均高于对照组和沙门氏菌感染组(P>0.05),丁酸梭菌可显著降低放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在肠道微生物中的比例(P<0.05),另外,丁酸梭菌可以增加乳酸菌属在肠道微生物群落的相对丰度(P>0.05)。【结论】结果表明,丁酸梭菌可以提高小鼠免疫力,缓解由于沙门氏菌感染引起的炎症反应,增加肠道微生物多样性,调节肠道菌群结构。
2020年04期 v.60;No.360 769-779页 [查看摘要][在线阅读][下载 1755K] - 解琳;郝宇;齐欣;刘本松;温昱晨;刘丽杰;杨晓杰;金忠民;
【目的】以扎龙湿地污染的土壤为材料,进行耐铅镉菌株的分离鉴定,研究不同条件对菌株吸附铅镉的影响。【方法】采用平板划线法,逐级驯化,筛选出一株耐铅镉菌株,通过生理生化特征及ITS序列分析对菌株进行鉴定,探究该菌吸附的最佳条件,并进行Langmuir和Freundlich等温吸附模型拟合。【结果】本研究分离得到一株菌株JB15,最高耐受浓度为Pb~(2+)1200 mg/L、Cd~(2+)200 mg/L,经鉴定为球孢白僵菌,最佳吸附条件温度为30°C,pH为7.0,接菌量为8.0 g/L,吸附时间为60 min,铅镉吸附率分别为52.27%和62.38%;铅镉吸附量分别为19.60 mg/g和3.98 mg/g,符合Langmuir等温吸附模型。【结论】菌株JB15具有较好的吸附效果,可为微生物修复重金属土壤污染提供理论基础。
2020年04期 v.60;No.360 780-788页 [查看摘要][在线阅读][下载 1181K] - 林金水;牛艳婷;王帅涛;王贵锋;田野;张恒;朱旭飞;司青坡;成娟丽;艾亚楠;赵文静;张向前;
【目的】本研究以铜绿假单胞菌PAO1 (Pseudomonas aeruginosa PAO1,菌种编号ATCC15692)为对象,研究cntRLMN在锌离子摄取中的功能。【方法】在ΔznuBC的基础上,以同源重组的方法构建了cntRLMN的各种突变菌株,通过质粒接合转移的方法构建其互补菌株及lacZ转录融合报告菌株,运用β-半乳糖苷酶酶活检测研究了Zur蛋白对cntRLMN的转录调控,凝胶阻滞实验(EMSA)检验Zur蛋白与cnt启动子及cnt启动子的突变片段的体外结合,并进一步通过生长曲线分析对cntRLMN中cntR、cntL、cntN等基因的锌离子摄取功能进行了分析和鉴定。最终,通过构建大蜡螟幼虫的侵染模型来研究cntRLMN对铜绿假单胞菌毒力发挥的影响。【结果】lacZ转录融合的酶活分析显示cntRLMN受Zur蛋白的负调控,其表达以Zur蛋白依赖的方式受锌离子饥饿的诱导;EMSA实验的结果显示cntRLMN的启动子可以与His-Zur结合形成DNA-蛋白质复合体,结合位点为GCGTTATAGTATATCAT;生长曲线和大蜡螟幼虫侵染实验的分析结果显示ZnuBC和CntRLMN的功能存在互补性,仅znuBC和cntRLMN双缺失突变时菌株在限锌培养条件下的生长和对大蜡螟幼虫的毒性才受到显著抑制,说明CntRLMN代表另一种独立的锌离子摄取系统。【结论】cntRLMN是受Zur直接负调控的另一种独立的铜绿假单胞菌锌离子摄取系统,对铜绿假单胞菌毒力的发挥起重要作用。
2020年04期 v.60;No.360 789-804页 [查看摘要][在线阅读][下载 1542K] - 王书利;赵书杰;罗怡馨;杨岚;郭文静;田婷婷;李志强;原宝东;
【目的】通过对布鲁氏菌gntR基因进行原核表达,分析其诱导机体产生的Th1和Th2型免疫反应。【方法】以布鲁氏菌S2308基因组为模板,根据GenBank上公布的S2308 gntR基因序列设计引物,利用分子克隆技术,将gntR基因片段克隆至原核表达载体pET-30a,转化至大肠杆菌BL21感受态细胞中,诱导GntR蛋白表达;利用SDS-PAGE对GntR重组蛋白(rGntR)进行分析;利用AKTAxpress智能多维纯化系统对rGntR进行纯化;利用Western blotting分析其免疫反应性;用rGntR刺激小鼠巨噬细胞RAW 264.7和小鼠脾细胞,利用ELISA试剂盒检测细胞因子IFN-γ、IL-2、IL-4和IL-5,以及IgG抗体的水平。将rGntR免疫小鼠,检测小鼠血清中IFN-γ和IL-4的水平。【结果】gntR基因大小为735 bp,编码245个氨基酸,大约在35 kDa处出现蛋白条带,纯化后为单一条带。WB显示,rGntR具有较好的免疫反应性。rGntR可诱导宿主细胞和小鼠产生较高水平的IFN-γ、IL-4和IgG。【结论】rGntR可在体内或体外诱导辅助性T细胞(Th1和Th2型)免疫反应。本研究可为布鲁氏菌病疫苗的研发提供科学依据。
2020年04期 v.60;No.360 805-814页 [查看摘要][在线阅读][下载 1139K] - 李颖颖;谢媚;程子骞;李卓波;罗鹏;
【目的】从副溶血弧菌TF2基因组框架序列中拼接获得整合性接合元件(ICE)ICEVpa TF2的全序列,分析其基因组学特征;研究ICEVpa TF2是否具有从基因组中剪切、环化活性以及剪切、环化时attB和attP位点如何形成。【方法】对副溶血弧菌TF2基因组框架序列进行RAST注释,发现其基因组中可能存在一个完整的ICE元件,命名为ICEVpa TF2,经过人工拼接和PCR扩增测序验证,得到完整的ICEVpa TF2序列,并对ICEVpa TF2再次进行RAST注释和ICE元件部分特征分析。通过PCR检测,探索ICEVpa TF2是否能够从基因组剪切并环化。通过attL、attR、attB、attP位点序列比较,探索attB和attP重组特征。【结果】ICEVpa TF2全长83588bp,包含SXT/R391家族ICE元件的52个保守核心基因,它们与ICE切除、整合、自我转移和调节机制相关。ICEVpa TF2也包含5个外源基因插入的热点区(HS)、2个可变区(VR)以及3个非典型插入位点。HS和VR包含了大量可变基因,它们负责编码限制性修饰系统、DNA修复系统或毒素-抗毒素系统等,赋予宿主广泛适应性功能,ICEVpa TF2也包含独特未知功能基因。通过对int、xis二个核心保守基因种系发生分析,发现ICEVpa TF2的int、xis分别属于以R391和SXT为代表的亚群。ICEVpa TF2在attL和attR处发生剪切并完成环化,新形成杂合重组的attB和attP位点。【结论】ICEVpa TF2属于SXT/R391家族,是一个具备自我剪切和环化能力的完整ICE元件,剪切后新形成的attB和attP位点由attL、attR杂合重组形成。
2020年04期 v.60;No.360 815-825页 [查看摘要][在线阅读][下载 1206K] - 任世恩;南小宁;许淼;邹垚;梁南楠;石建宁;韩崇选;
【目的】肠道微生物在宿主代谢和健康方面发挥着重要的作用,已有报道表明甘肃鼢鼠肠道菌群和地域、性别以及季节等因素有关,但对于野生和人工饲喂条件下,取食不同食物的甘肃鼢鼠肠道菌群是否存在差异尚不明确。【方法】本研究选取苜蓿、樟子松根、油松根和云杉根对甘肃鼢鼠进行分组饲喂,同时以野生个体作为对照,采用16S rRNA V3-V4高通量测序技术对野生和人工饲喂甘肃鼢鼠肠道细菌进行比较。【结果】野生和人工饲喂条件下,优势菌门均为Firmicutes和Bacteroidetes,但含量却存在显著性差异。在人工饲喂条件下,樟子松根、油松根和云杉根饲喂的三组甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构相似度较高,而与苜蓿组和野生组之间均存在较大差异,樟子松组、油松组和云杉组甘肃鼢鼠肠道细菌多样性高于苜蓿组和野生组。【结论】野生和人工饲喂条件下甘肃鼢鼠肠道菌群组成和结构存在显著性差异。
2020年04期 v.60;No.360 826-838页 [查看摘要][在线阅读][下载 1186K] 下载本期数据